Ceritanya tentang Okabe Rintarou, Daru dan Mayuri yang mungkin sengaja atau tidak memodifikasi microwave yang dihubungkan dengan ponsel yang bisa mengirim pesan ke masa lalu.
Di saat yang sama mereka mengetahui bahwa Organisasi Riset Eropa dalam Bidang Nuklir dan Fisika Partikel (SERN) juga tengah dalam masa pengembangan mesin waktu, mulai saat itulah mereka adu kebut dengan SERN dalam menciptakan mesin waktu, dan menyelamatkan nyawa mereka sendiri tentunya.